首先，要弄清楚，国内目前能够运输活体宠物（即可以存活的）的运输方式只有三种：空运、铁路和公路（客/货运）。 其次，要看你想要运输的品种。
1.如果是繁殖期以外的成兽，并且你所在地有相应的航班可以直达目的地的话，可以选择空运，前提是你的动物健康，并且能够办理出关手续。如果当地没有直航，则需要中转，相对来说比较麻烦。
2.如果是幼龄动物或者繁殖期的母兽(公兽一般单独运输)，且当地有相应航班可直达目的地的话，也可以进行空运。
3.如果是数量较少的珍稀品种，且有固定航线飞机经停的地方，可以通过托运的方式，用行李车推送上飞机，在旅客行李中混运（一定要保护好，防止碰撞挤压！）；
4. 如果当地没有机场，而距离机场又相对较远，则只能通过铁路或公路运输了。 具体如何操作，建议咨询当地检验检疫局，以他们给出的方案为准。
另外补充一点：无论采取何种运输方式，在运输过程中，宠物是不能进食的，以防在机舱内排泄。
戚玉松优质答主将小松鼠放到笼子里，笼子要尽量大点，里面有食物和水，还有它喜欢玩的东西，到机场后去动物检查处做个证明，只要有人为松鼠办理动物检查证明，就代表该机场是可以托运小松鼠的，然后去机场的动物托运服务台办理托运手续就行。
带上小松鼠的免疫证明、体检证明，要给宠物笼上贴上写有自己名字和电话的联系电话，以防出差错(一定要是大的贴纸，用小便利贴是不行的，一定要用透明胶固定，用订书针是不行的)，如果到国外的话，还要办理动物出入境检疫手续。如果国内，免检。
需要注意的是：
不是所有机场都可以办理小松鼠托运的，一般来说只有北京首都国际机场、广州白云机场等大机场才可以，具体你们那那可以办理，最好打你们当地机场服务电话询问，最好是去有动物检疫检测站的机场托运，安全有保障。
为保障航空运输安全，国家民航总局对携带小松鼠这类宠物乘机或托运有了一些新规定，要求所有活体动物不得作为随身携带物品，只可以作为行李托运，如果主人有急事想带着小松鼠，那是不可以的.
由于航空运输环境比较特殊，宠物在空中颠簸、温度变化较大、缺氧、噪声等环境下难以照料周全，很容易出问题，所以必须由宠物医生为你的宠物做专门的航空体检，体检合格后，宠物医生会为你出具一份宠物航空健康免疫双检明，证明你的宠物健康状况良好，没有传染病和其它疾病，可在正常条件下进行搭乘飞机旅行。另外，如果宠物还需要出国旅行，还需要出具一份入境国家的《官方检疫证》，这样才能进行搭机旅行。
